实验重复不出来，原因可能在于小鼠基因组差异
基因漂移
JAX的创始科学家们在1921年创建了亚当和夏娃的祖先，取名为C57BL/6。
C57BL/6， 常被称作“C57 black 6”、“C57”或者“black 6”（标准简称为B6）, 是一种常见的近交品系实验鼠。在遗传学试验中广泛用作转基因鼠以模拟人类的基因缺陷类疾病。因其可用作同类系、易于繁殖和体格健壮等特性，是使用范围最广、销量最好的一支鼠株品种。
一个世纪以来，研究人员无数次复刻C57BL/6品系，并将其卖往全球各地。这一策略造成了一个遗传瓶颈：每代都会产生10-30个可遗传新突变。随着时间的推移，这种“遗传漂移”迅速累积。JAX的遗传学家Laura Reinholdt说，如今在实验室间售卖的C57BL/6小鼠的基因组跟2002年确立的小鼠参考基因组已经大不相同了，但是，研究人员用以开发转基因小鼠的模板还在延续2002年的版本。现在，JAX的研究人员打算重建2005年的夏娃基因组作为旧参考基因的补充。
隐藏的基因突变
天然基因变化会引起意想不到的、扰乱实验结果的生理现象。例如，有些实验室小鼠对酒精或胰岛素的敏感度不同，所谓的“相同小鼠”之间的差异阻碍了某些领域的研究。比如，美国国家健康研究所繁育了50代的C57BL/6小鼠不喜欢酒精的味道，而JAX繁育的却很喜欢酒精饮料。这些变化如果不是有人研究根本不易察觉。2016年，小鼠供应商Envigo发现C57BL/6全球19个繁育中心之中，有6个都携带一个与免疫系统有关的基因突变。Envigo公司通知研究人员，购买 这些小鼠应指定原产地，因为该公司提供的“该小鼠族谱”已不再完全一致。
2005年，JAX的研究人员决定重置遗传时钟，只售卖被挑选出来的一对小鼠（亚当和夏娃）的后代。并冷冻了它们的孙子们的数百个胚胎，足以维持此后25-30年的繁育工作。每隔5代，公司就会解冻一部分胚胎，然后抚养它们长大接力繁育。
“我们无法阻止基因漂移，我们只能尽量放慢它们，一旦储存的胚胎用完了，JAX不得不重头开始，挑选新一代小鼠夫妇，”JAX技术评估与发展高级总监Michael Wiles说。
上个月召开的美国人类遗传学会会议上，JAX计算科学家Anuj Srivastava谈到公司正在努力重建更细致的夏娃基因组，他们将使用三种不同的测序方法，将于本月（11月）底完成全部测序工作。预计2018年年初发布新参考基因组数据。
其他小鼠供应公司也开始努力拖慢基因漂移。Taconic生命科学每隔10代就会动用储存的冷冻胚胎重启C57BL/6品系。Taconic公司的C57BL/6来自JAX几十年前的一支，因此，夏娃基因组可能并不适用Taconic公司所繁育的小鼠。Taconic遗传科学部门全球总监Ana Perez说，公司计划发布自己的“夏娃基因组”。她说：“从我的角度看，每个特定的繁育公司都应该有自己的一套参考基因组，指望从不同饲养者那里购买到相同的老鼠纯属奢望。”
大多数研究者可能并不在意C57BL/6小鼠的各种差异，以及这些差异是否会影响实验的可重复性。约翰霍普金斯大学的病理生物学家Cory Brayton说：“虽然供应商尽量提供详细信息，但消费者的这方面意识还比较低。虽然我们很难衡量因小鼠遗传差异浪费的人力物力究竟有多少，但我认为直到人们真正意识到这个问题之前，反复重复现象肯定是很常见的。”
夏娃基因组数据的问世对购买JAX小鼠的实验人员来说是一件幸事。尽管它不一定能解决所有近交小鼠的重复性问题，但正如Brayton所说，如果你聪明地使用近交系小鼠，它们就是非常有价值的信息，如果你愚蠢地使用小鼠，它们绝对会搅乱你的研究。
注：转载自PaperRSS公众号。
猜你喜欢
领域分析|40篇核心lncRNA文章系统分析（lncRNA大起底，中国表现出色，曹雪涛及陈玲玲各贡献1篇，值得收藏）
重磅推出|全球最高引100篇文章系统分析（从1亿篇文章筛选出来，居然发表在JBC杂志的文章名列前茅，值得收藏）
重磅|陈玲玲研究组在Cell发文揭示长非编码RNA对细胞核仁调节新机制
2017年研究前沿|生物科学-长链非编码RNA等领域上榜（值得收藏）
温馨提示：iNature是介绍一流的，最前沿的科研成果，提供专业的完整的同行解析；另外也会介绍全世界知名的实验室及业界大师；同时为公众提供一个了解生命科学及科研过程的平台。扫描或长按下方二维码可关注“Plant_ihuman”，了解科学领域最新研究进展。另外，iNature公众号也开通了“科学网sibscas博客”，欢迎大家关注。
投稿、合作、转载以及招聘信息发布等事宜请联系liupan@sibs.ac.cn 或微信号“13701829856”。