iNature：我代表iNature编辑组，祝贺你们能在Genome Biology 上发表文章。

张超：谢谢，能在Genome Biology发表文章，离不开徐书华老师悉心的指导，同时这也是实验室其他成员共同努力的结果。另外，这研究也离不开国家自然科学基金等支持。

iNature：投稿的过程是否顺利？

张超：投稿时间还是较长的，花了10月。我们总共改了3稿，Genome Biology 第一次审稿回来的意见是拒稿。评审们的观点不一致，一个给予负面评价、一个中性评价和一个积极评价。但是我们看到第一评审明显是不公正的，因为三个月该评审就写了一句话，而且和我们的研究没有任何关系，主要是表达你们所使用的数据是发表过的数据，即不是新产生的。我们认为这很荒唐的，该评审并没有关注我们的研究内容，于是徐老师就写了一份反驳的意见，说服Edit，让我们的稿子重新请额外评审人再审；在接下来的两轮审稿中，评审的意见比较积极，后来被顺利接受。

iNature：你觉得Genome Biology 为什么会接受您们的文章呢？

张超：主要是我们通过系统的分析搞清楚了夏尔巴人和藏族人的关系。夏尔巴人与藏族人的关系一直是一个存在争议的问题。在一些场合中，夏尔巴人只是被当做藏族的一个分支；与此矛盾的是，最近也有遗传学研究认为藏族起源于夏尔巴人祖先。总体来讲，关于两个族群的遗传关系、起源和演化历史的研究结论和认识存在诸多争议。我们特别关注此前研究较少的夏尔巴人，同时也对此前研究较多的藏族的精细遗传结构做了较为系统的解析。我们发现夏尔巴人并不是之前学者认为的是藏族的人的祖先，相反夏尔巴人在新石器时代才从藏族中分离出来，并经历了近期的人群隔离的过程。尼泊尔和我国境内的夏尔巴人分支存在遗传上的差异，而藏族的遗传结构与语言和文化意义上的“卫藏”、“康藏”、“安多藏”有密切的对应关系，反映了地理、语言和文化在人群遗传分化和多样性形成和演化中可能起到重要作用。我们还发现了夏尔巴人特异性的突变可能对高原环境的适应有关。

iNature：课题做了多久？

   张超：我们是从2015年10月正式开展此项课题的，到文章的正式发表花了1年8个月。但是如果算上前期数据的准备尤其是全几组测序数据的准备，这要从2014年开始计算，花了3年。

iNature：文章是谁写的？

   张超：草稿是我写的，然后发给徐老师，他修改后再返回给我，这样来来回回的修改了8个版本。徐老师这方面做得非常的好，给我们训练和提升写作的机会。

iNature：怎么写文章？

   张超：一般来说，文章分为标题、摘要、背景、方法、结果、讨论等几部分。我一般最先写方法和结果，这两部分是比较简单的，它们让我们明确我们到底做了什么，做到何种程度。在写方法和结果的过程中也是我们重新整理思路的过程，这个过程对文章其他部分的写作很有帮助。紧接着我会去写背景介绍和简单的摘要和标题，然后反过去再去看方法和结果部分的内容是否解决了课题背景的前沿挑战性问题，以达到背景和结果的相吻合。讨论和摘要部分一般是最后完成的。上面说的写作顺序是看一本叫做《Writing scientific papers in English》，这本书也是我们组其他学生通常参考的书。我每次写作前都会把这本书看一遍，以防止写作中的低级错误。与其他写作不同的是，科学论文写作一般逻辑清晰，把自己想表达的准确表达出来即可。徐老师也经常和我们讨论写作能力。他在组会上常说，科技论文写作和语言无关。你以为你英语的写作能力很差，其实本身就是你中文表述就很差，思维逻辑不到位，你写出的东西也是那个样子。写作方面我也是很佩服徐老师的，他写的稿子经过很多轮的修稿，我曾经看到他写过一篇文章的摘要改过40-50个版本。

iNature：你们为什么会确定这个课题的方向呢？

张超：这是我们课题组一直延续做的课题。我们组很早就开始研究藏族人群的演化历史和自然选择。藏族人和夏尔巴人等高原人群不仅能在青藏高原上生活，而且他们还能繁衍后代，但是这对于一般人上去很难适应，更不要说繁衍后代了。所以说他们是有遗传基础的。青藏高原人群的基因组组成如何，何时上高原，从哪些路线上高原，遗传基础是什么一直是人类学家、考古学家、历史学家、遗传学家和大众关注的问题。2016年，我们组对藏族人首批全基因组测序分析，重构了藏族人群的演化历史，文章发表在在AJHG杂志上。后来的研究中我们重点解析了夏尔巴人和藏族人两个族群的遗传关系、新石器时代的演化历史和群体特异性的高原适应机制，研究工作发在genome biology 上。每个研究课题都有自身的关注点，每个课题持续做下去都可以做的很深入。至于为什么选择这个课题，有时候是科学前沿决定的。

iNature：遇到的问题是什么？

张超：夏尔巴人与藏族人之间的遗传关系。在一些场合中，夏尔巴人只是被当做藏族的一个分支；与此矛盾的是，最近也有遗传学研究认为藏族起源于夏尔巴人祖先。总体来讲，关于两个族群的遗传关系、起源和演化历史的研究结论和认识存在诸多争议。这些争议都是我们遇到的问题，也是着力去解决的问题。

iNature：怎么解决难题？

张超：首先，重要的是数据。我们组二代测序分析平台建设的比较好，这对这个课题是其中一个强大的支撑。我们首次测得了藏族人的全进组数据（共38个个体），同时我们测了汉族的全基因组序列（共39个），共77个样本。同时我们整理收集了尼泊尔地区的两个夏尔巴基因组合众多芯片数据。这些数据是我们厘清族群之间的基础。有了这些数据之后我们对青藏高原人群的演化历史做了系统的分析，比如群体的遗传，基因交流，祖先成分解析，群体分歧时间的估计，自然选择等分析。系统的分析对解决问题很重要，有数据而不去验证假说也很徒然。

iNature：对于这课题，还有后续深入的研究吗

张超：有很多。青藏高原族群的全基因组时代才刚刚到来，有太多的研究值得我们去研究。

iNature：对学生有什么建议

张超：首先，如果能尽早的发文章是非常的好。先发文章，可以减少你后续的压力和心理负担，让你静下心来做更好的工作。当然，一开始文章并不一定要好；第二、注重积累、厚积薄发。科学的工作是需要耐心和大量工作积累的，有些时候做的时机到了，就自然能发了；第三、先完成后完美。徐老师经常告诫我们，有一些工作就是要先完成，然后去完美它，完成比完美更重要。我们有时候花费大量的时间在无关的细节上导致项目不能按时完成。其实不妨换一个思路，先完成框架或初步工作给自己一个激励，然后再去补充细节或者完成后续工作。最后，也很关键，学会了解自己拖延症背后的潜意识和妥善处理自己的拖延症。拖延症很可怕，相信也存在大多数博士生中。我曾经有过一段时间的拖延症时期，大概持续半年之久。后来我尝试去了解导致拖延的原因，并大致克服了这次拖延。拖延心理大致分为五类，我认为在博士生中常存在的拖延心理是：通过拖延来表达自己潜意识的反抗。这种反抗的对象可能是自己的合作者，师兄师姐甚至导师。比如，当你不满师兄的指导或者认为分配不公的时候，你会拖延。这种拖延的潜意识是在说：我就不去完成这项工作，你也拿我没有办法，没有我项目进度完成不了吧。你其实通过这种外在的拖延来表达自己在项目中的重要性，只不过你自己可能都不知道自己的这种内在的潜意识。最后，推荐大家一本写拖延心理的书《Procrastination》，这本书不仅讲了几种常见的拖延心理，也给出了克服拖延症的一些方法，希望对大家有所帮助。

iNature：除了科研以外，你建议大家其他做点什么？

张超：这方面我做的不好，也没有太多建议。我觉得是除了科研可能要做任何能够释放自己压力的事情，毕竟博士生心理上多少有些压力的。我自己喜欢的是夜跑。

iNature：对于低年级的生物信息学的师弟师妹，有什么建议？

张超：编程是计算生物学中基础的基础。我以前是生物工程专业，到研究生阶段才开始接触编程。我们研究所的平台比较好，学生来源比较多样，有来自生物、数学、物理、计算机等各种背景的研究生。低年级时候大家大都是从头学习，相互交流。一开始是学些一些基本的语言，通常是用perl，python, java, C语言等中一种作为主要一门处理数据语言，用R或Matlab中的一门作为统计或作图语言，还需要熟练Linux操作系统和bash语言。我觉得学习编程过程中和自己做的课题处理的课题相结合效果会比较好。在接下来的几年里除了用这些编程语言去处理数据，也会学习领域内常见的一些语言或软件，基本上是在做中学，在学中做。

iNature：怎么进行不同数据的比较？

张超：比较是科学领域里常用的方法。比较的方法、使用的数据、分析策略、实验材料的差异都会造成差异。一般来说统一上述比较上的差异会得到一个更公正的结果。但是有时候差异很难消除，这就要求我们在解释结果的时候要格外小心。

iNature：对于使用别人的数据怎么看？

张超：使用公共数据研究课题非常常见，尤其是在计算生物学领域。不同研究者通常只对他自身关注的数据的信息或者维度进行数据挖掘，然后发布他们的数据。将已发表的数据直接拿来使用不但节省经费还能增加对数据挖掘的深度，何乐而不为。

通讯作者-徐书华

教育经历和学术背景

徐书华，现为中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所研究员、研究组长、博士生导师、中科院“特聘研究员”、兼任上海科技大学特聘教授；1996年进入湖北大学学习，获学士、硕士学位；2006年毕业于复旦大学，获博士学位；同年入职中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所，历任助理研究员、副研究员，2009年应聘担任研究组长（PI）；2011年应聘担任德国马普学会与中科院共同支持的马普青年科学家小组组长。2013年入选国家“万人计划”第一批“青年拔尖人才”；2015年获国家杰出青年基金；2016年入选上海市优秀学术带头人；兼任上海市遗传学会常务理事、上海市人类学会理事、中国遗传学会青年委员会委员、《Molecular Genetics and Genomics》(德国)编委、《Human Genomics》(英国)编委、《Hereditas》(英国)编委、《Scientific Reports》(英国)编委、《BMC Genetics》(英国)编委(Section Editor)；国家自然基金委重点支持项目、中科院先导专项(B类)项目负责人；致力于群体基因组学研究，专注于混合人群的遗传和微观进化问题；在Science，AJHG，PNAS等发表SCI论文60多篇；曾获全国百篇优秀博士论文、中科院青年科学家奖、国家自然科学奖等。

研究方向

混合人群的遗传与微观进化

研究领域

徐书华博士长期致力于人类群体基因组学研究。专注于研究混合人群 (admixed population)的遗传和进化问题。发展和运用群体基因组学方法和计算生物学手段在混合人群的遗传结构、环境适应和微观进化机制研究方面取得了系统性的成果。
(1)人群混合的模型研究和混合动态过程的理论研究——通过理论推导、计算机仿真和实验数据分析研究了人群的混合模型和动力学机制,并为人类基因交流历史研究和复杂疾病基因定位研究提供理论指导;
(2)重组信息应用于人群混合历史及人口扩张时间估计——发展了利用遗传混合和重组信息研究人群历史的方法,从遗传学角度估计了亚太地区人群的基因交流和扩张时间;
(3)人群混合与环境适应——建立了检测混合人群自然选择的新策略,在全基因组水平揭示了美国黑人及我国藏族的环境适应以及亚洲人群的环境适应;
(4)人群混合对功能基因多样性的影响——系统研究了单基因疾病和复杂疾病基因的进化特征,探索了人群遗传混合对疾病相关基因和药物代谢基因多样性的影响及其机制; (5)探索人类复杂性状（包括疾病）发生发展的内在驱动力和演化机制。

获奖情况

•上海市优秀学术带头人（2016）
•获“国家杰出青年科学基金"（2015）
•国家自然科学奖（二等）（第2完成人）（2015）
•中国科学院“特聘研究员”-特聘核心骨干（2015）
•中国科学院青年创新促进会（首届）“优秀会员”（2015）
•浦东新区科技发展基金专家（2015）
•中国遗传学会第九届理事会中国遗传学会青年委员会委员（2013）
•2012-2013年度中国科学院青年创新促进会“优秀会员”（2013）
•国家“万人计划”第一批“青年拔尖人才”（2013）

•上海市第六届青年科技英才提名奖（2012）
•中科院上海生科院-美国礼来公司优秀毕业论文导师奖（2012）
•中科院上海分院第三届杰出青年科技人才奖（2012）
•教育部自然科学奖（一等）（第2完成人）（2012）
•首届中国科学院青年创新促进会（2011）
•全国百篇优秀博士学位论文（2011）
•上海市科技启明星（2011）
•复旦大学优秀博士学位论文（2010）
•上海市优秀博士学位论文（2009）
•法国赛诺菲-安万特-上海生科院青年人才奖（2009）
•日本明治乳业生命科学奖（2009）
•中国科学院卢嘉锡青年人才奖（2009）

代表论文

1. Haiyi Lou, Yan Lu, Dongsheng Lu, Ruiqing Fu, Xiaoji Wang, Qidi Feng, Sijie Wu, Yajun Yang, Shilin Li, Longli Kang, Yaqun Guan, Boon-Peng Hoh, Yeun-Jun Chung, Li Jin, Bing Su, Shuhua Xu*. A 3.4-kb Copy-Number Deletion near EPAS1 Is Significantly Enriched in High-Altitude Tibetans but Absent from the Denisovan Sequence. Am.J.Hum.Genet. 97(1):54-66. 2015.

2. Shuhua Xu*, Irina Pugach, Mark Stoneking, Manfred Kayser, Li Jin, The HUGO Pan-Asian SNP Consortium. Genetic Dating Indicates that the Asian-Papuan Admixture through Eastern Indonesia Corresponds to the Austronesian Expansion. PNAS 109(12):4574-4579. 2012. 

3. Wenfei Jin, Sijia Wang, Haifeng Wang, Li Jin, Shuhua Xu*. Exploring Population Admixture Dynamics Using Empirical and Simulated Genome-Wide Distribution of Ancestral Chromosomal Segments. Am.J.Hum.Genet. 91:849-862. 2012. 

4. Wenfei Jin, Pengfei Qin, Haiyi Lou, Li Jin*, Shuhua Xu*. A Systematic Characterization of Genes Underlying both Complex and Mendelian Diseases. Hum.Mol.Genet. 21(7):1611-1624. 2012. 
 
5. Wenfei Jin, Shuhua Xu*, Haifeng Wang, Yongguo Li, Yiping Shen, Bailin Wu, Li Jin*. Genome-Wide Detection of Natural Selection in African Americans Pre-and Post-Admixture. Genome Research 22:519-527. 2012. 
 
6. Shuhua Xu*, Shilin Li, Yajun Yang, Jingze Tan, Haiyi Lou, Wenfei Jin, Ling Yang, Xuedong Pan, Jiucun Wang, Yiping Shen, Bailin Wu, Hongyan Wang, Li Jin*. A Genome-Wide Search for Signals of High Altitude Adaptation in Tibetans. Mol.Biol.Evol. 28:1003-1011. 2011. 
 
7. The HUGO Pan-Asian SNP Consortium (Li Jin*, Edison T. Liu*, Mark Seielstad*, Shuhua Xu*; 93 authors from 10 countries). Mapping Genetic Diversity in Asia. Science 326:1541-1545. 2009. 

8. Shuhua Xu, Xianyong Yin, Shilin Li, Wenfei Jin, Haiyi Lou, Ling Yang, Xiaohong Gong, Xuejun Zhang, Xianyong Yin, Yungang He, Yajun Yang , Yi Wang, Wenqing Fu, Yu An, Jingze Tan, Jiucun Wang, Ji Qian, Xin Zhang, Yangfei Sun, Hongyan Wang ,Bailin Wu , Li Jin*. Genomic Dissection of Population Substructure of Han Chinese and Its Implication in Association Studies. Am.J.Hum.Genet. 85:762-774. 2009.

9. Shuhua Xu, Li Jin*. A Genome-wide Analysis of Admixture in Uyghurs and a High-Density Admixture Map for Disease-Gene Discovery. Am.J.Hum.Genet. 83:322-336. 2008. 

10. Shuhua Xu, Wei Huang, Ji Qian, Li Jin*. Analysis of Genomic Admixture in Uyghur and Its Implication in Mapping Strategy. Am.J.Hum.Genet. 82:883-894. 2008.